“Gilberto Mendes, cidadão santista. Filho de um médico e de uma professora primária.
Uma pessoa marcada pelo lugar onde mora. Sempre tive essa coisa oceânica, dos mares, pois o mar é também uma abertura para o mundo”. Assim se auto definiu o compositor em entrevista ao jornalista Marcelo Pinheiro, do portal Arte Brasileiros.
A influência das águas de sua cidade natal, Santos, descortinaram para ele a vastidão do mundo, que se acercava através dos navios de muitas partes que ali atracavam. Seu pai, Odorico, faleceu quando Gilberto tinha apenas 5 anos. A mãe, Ana, criou os filhos com bastante dificuldade. O pouco ingresso financeiro da família adiou o encontro entre Gilberto e a música, já que os instrumentos, sobretudo o piano, eram muito caros.
Depois de cursar Direito por dois anos em São Paulo, foi confrontado pelo cunhado que relembrou Gilberto de seu amor pela Música. Foi aí que retornou para Santos e ingressou no Conservatório da cidade no início da década de 1940. Em 1949 compôs sua primeira peça, Episódio, com poesia de Carlos Drummond de Andrade.
Participou do curso de férias Ferienkurse für Neue Musik na Alemanha em 1962 e 1968. Ainda em 1962 cria o Festival Música Nova, evento anual do qual foi diretor artístico até 2010.
No ano seguinte, assina o Manifesto Música Nova ao lado dos músicos Willy Corrêa de Oliveira, Olivier Toni, Rogério Duprat, Damiano Cozzela e Julio Medaglia. Este documento propunha novos rumos para a música brasileira, e assim como o Festival homônimo buscava se distanciar da raiz nacionalista instalada nas composições brasileiras.